Stefan Merkelbach studierte Schulmusik und Musikerziehung am Fachbereich Musik der Universität Mainz. Anschließend legte er an der Staatlichen Hochschule für Musik Heidelberg-Mannheim das Künstlerische Examen im Fach Dirigieren ab. Von 1992 bis 1996 war er stellvertretender Chordirektor am Nationaltheater Mannheim. Seither unterrichtet er an der Musikschule in Grünstadt Klavier und Musiktheorie und ist als freier Chor- und Orchesterleiter tätig. Seit seiner Studienzeit ist er Leiter von Kirchenchören. Von 1991 bis 2001 leitete er das Wormser Kammerensemble, seit 2000 ist er musikalischer Leiter der Wormser Kantorei.